安全问题是企业应用电子商务最担心的问题，而如何保障电子商务活动的安全，将一直是电子商务的核心心研究领域。作为一个安全的电子商务系统，首先必须具有一个安全、可靠的通信网络，以保证交易信息安全、迅速地传递；其次必须保证数据库服务器绝对安全，防止黑客闯入网络盗取信息。对于中国来说，网络产品几乎都是"舶来品"，本身就隐藏着不安全隐患，加之受技术、人为等因素的影响，不安全因素更显突出。目前，电子签名和认证是网上比较成熟的安全手段，而在我国大多尚处在对SSL协议的应用上，在SET协议上的应用试验刚刚成功，而要完全实现SET协议安全支付，就必须有一个CA认证中心，而目前在我国CA认证权的归属问题尚未确定，在信息安全保密体制上究竟谁来管理?怎么管理?采取什么有序的管理办法?这些问题亟待解决。